研究院实行董事会领导下的院长负责制；内设办公室、技术创新部、产业协同合作部、资产财务部等职能部门，按技术和市场的需要设立各热管理技术中心等；并建立综合后勤服务部与创投基金管理部作为保障支撑部门，确保内部制度健全、运行规范、务实高效。
职能部门
研究院日常经营管理机构为院长办公会。研究院设院长一名，副院长二至三名。院长为研究院法定代表人。院长直接向董事会负责，执行董事会的各项决定，组织领导研究院的日常经营与管理工作，副院长协助院长工作。院长办公会成员包括院长、副院长。院长办公会由院长主持，会议纪要和决定由院长签署。
综合办公室：负责研究院人力资源管理、文秘宣传、行政事务、外联接待等工作。
科研计划部：负责研发平台规划、实验室运行监管、知识产权管理、企业合作管理，审核技术合同，审核技术投资，组织科技计划项目申报、考评、验收、成果鉴定等工作，协助技术团队引进。
资产财务部：负责会计核算、财务管理和资金筹集，以及监督、检查、审计研究院所属企业财务制度的执行与财务收支活动。
产业协同合作部：负责企业合作管理、协同创新、科技市场开发等工作。
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